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2009年度より、本学付属病院で専攻医（本学では臨床助手）として勤務をしながら大学院（博士課程）での修学を可能とする「臨床助手／大学院」コースを開設しています。
大学院の学費は1年次に約145万円、2年次以降約115万円がかかりますが、専攻医として1年次では年額約360万円の給与が得られます。（2年次年額：約390万円、3年次以降年額：約420万円）
なお、本学の医学部卒業生であれば入学金は半額、施設設備費は免除されるため、1年次の学費・諸会費は約120万円です。
授業を受けやすいよう、Web教材の利用や昼夜開講を行っています。
「臨床助手／大学院」コースの大学院生については専攻医（本学では臨床助手）として私学共済の加入や、福利厚生として各種保険（雇用保険、健保・年金等）が受けられ、院内保育所を利用することができます。
専攻医の募集に関しては、本学臨床研修部のHP（下記Linkボタン）をご覧ください。
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医学研究科博士課程（4年間）に入学、3年以上在籍して所定の単位を修得し、査読制度のある公刊雑誌に掲載された主要公刊論文1篇、副公刊論文2篇とともに学位論文を提出、その後審査を経て、修業年限の4年以内に学位を取得することができます（課程博士）。また、所定の研究歴等が認められれば医学研究科の研究指導教員を通して学位論文提出、同様の審査を経て学位を取得できる制度もあります（論文博士）。この場合は主要公刊論文1篇、副公刊論文3篇が必要です。
詳しくは下記より、学位申請ページを参照ください。
医学研究科ＨＰトップページ⇒『大学院在学生向け』を選択⇒『博士学位申請』を選択
医学研究科ＨＰトップページ⇒『教職員向け』を選択⇒『博士学位申請』を選択
学位論文は、査読制度のある学術雑誌に掲載された（または掲載予定の）論文1篇を中心に作成します。単著・共著どちらでも可能ですが、共著の場合は申請者が筆頭著者であることが条件であり、また、共著者が申請者の筆頭著書論文を、他の方が学位申請論文として提出しない確約を明記した“確認書”が必要となります。そのほか、申請者が関わった論文2篇（論文博士希望者は3篇）が“副公刊論文”として必要となります。
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臨床統計学はこれからの臨床研究にはなくてはならない分野です。文部科学省科学技術振興調整費・新興分野人材養成プログラム「クリニカルバイオメディカル情報科学マスターコース」で行ってきた医療統計学・臨床試験方法論・バイオインフォマティクスに関連した講義は、大学院の正規科目として受講することができます。
もちろんです。2005年度からは博士課程も一専攻となっており、多くの研究指導教員のなかから自由に研究指導教員を選べ、かつ領域を超えた分野から適切な指導が受けられるシステムになっています。
本学医学研究科には研究をリードするセンターがあり、大学院生には自由に最新の研究プロジェクトに参加できるとともに、有機的な連携が図られています。また、約40名の技術職員が所属する生命科学統合支援センターの支援も受けられます。大学院生の積極的な研究への取り組みが期待されます。
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博士課程の大学院生（「臨床研修／大学院」コースは適用外）には「医学部医学科教育補助手当」という制度があり、医学部医学科教員の教育等の業務を補助する場合、月々5万円から16万円が支給されています。（ただし、上記の「臨床研修／大学院」コースとの併用は不可）
修士課程についても月々3万円の「医学部医学科教育補助手当」が支給されています。
その他、日本学生支援機構、各種外部団体による大学院奨学金があります。
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